El edificio
El edificio, diseñado por los arquitectos Pedro Astigarraga y José León Lasarte, se construyó entre 2009 y 2011. De planta rectangular, las láminas de sus cuatro fachadas le dan el aspecto de un contenedor. Se trata, pues, de un edificio singular, que destaca entre las viviendas y pabellones del entorno. Incluidos los jardines adyacentes, ocupa 3.445 m2 y en total tiene una superficie de 9.116 m2 distribuidos en tres plantas.
Los objetos están custodiados en ocho almacenes que ocupan el 70% de la superficie total, aproximadamente 6000 m2. En los depósitos las piezas se conservan en condiciones de humedad y temperatura adecuadas a sus materiales y composición; en todo caso, la humedad relativa siempre es inferior al 60% y la temperatura se mantiene entre los 18 y los 20º. Hay salas especiales con parámetros específicos para metales, papel y tejidos.
Además, Gordailua cuenta con oficinas, talleres de restauración (para bienes arqueológicos, paleontológicos, etnográficos y artísticos), salas de registro y fotografía, espacios de cuarentena y tránsito, biblioteca, dos salas de consulta e investigación y dos salas polivalentes. En estas últimas se celebran seminarios, conferencias, exposiciones, etc.
Un dispositivo de geotermia y los paneles fotovoltaicos de la azotea permiten reducir la dependencia energética. A fin de garantizar constantemente las condiciones climáticas que exige la adecuada conservación de los objetos patrimoniales, un generador autónomo se conectaría automáticamente en caso de que fallara la corriente eléctrica.