Los depósitos de Gordailua también acogen el patrimonio cultural de varias instituciones y particulares. En total son cerca de 250 elementos de diferentes temas, épocas, técnicas y soportes.

Entre ellos destacan las 214 piezas de Nestor Basterretxea: esculturas, dibujos, collages, maquetas, cerámica… Asimismo, en Gordailua se conserva la obra artística propiedad de las Juntas Generales que no se encuentra expuesta en su sede.