El área de conservación de Gordailua desarrolla diferentes líneas de trabajo. Por una parte efectúa el seguimiento de la conservación preventiva del centro: control de constantes climáticas, coordinación de la gestión integral de plagas, configuración del plan de emergencia de colecciones, etc. Por otra, se interviene sobre la colección custodiada, cuyos objetos en ocasiones no presentan buenas condiciones de conservación. Es por ello que se han habilitado diferentes espacios para la limpieza, preparación, acondicionamiento, conservación o restauración de las piezas. Antes de cualquier intervención, se estudian y analizan los elementos según el material, técnica o estado de conservación, y se decide su tratamiento.
Así mismo, el área de conservación supervisa, controla o interviene en bienes culturales muebles pertenecientes a las colecciones forales ubicados en otras sedes y en elementos de relevancia del patrimonio guipuzcoano previamente acordados en las comisiones correspondientes.
En los talleres de restauración se garantizan espacios de trabajo adecuados y seguros. Para ello, cuentan con infraestructura de regeneración de aire para absorber polvo y vapores tóxicos, así como tomas de aire comprimido y maquinaria específica.
Taller de restauración de Arte
En este espacio se estudian y analizan las obras de arte antes de su intervención y se actúa sobre ellas en función de sus necesidades: desde medidas únicamente de conservación preventiva, que aseguran la integridad física de las obras (acondicionamiento, protecciones, etc.), pasando por operaciones de conservación curativa destinadas a frenar su deterioro (eliminación de deformaciones, fijado, consolidación, encolado y limpieza superficial, etc.); hasta actuaciones de restauración, cuya finalidad es la recuperación estética de la obra (limpieza, retoque, barnizado, etc.).
Taller de restauración de Etnografía
Los objetos etnográficos de nueva adquisición o que han sido utilizados temporalmente en exposiciones fuera del depósito de Gordailua y que en su composición tengan elementos de origen orgánico se someten inicialmente y obligatoriamente a un tratamiento de desinsectación mediante la anoxia por nitrógeno. La medida garantiza la no contaminación de las piezas ya almacenadas en el Centro.
Previo a su almacenamiento se procede a efectuar una limpieza superficial eliminando depósitos ajenos a los objetos, tales como polvo y tierra, restos orgánicos y esporas de hongos.
El tratamiento completo de restauración está reservado para aquellos objetos cuyo estado de conservación así lo requiera y para las piezas destinadas a exposiciones o estudios concretos.
Taller de restauración de Arqueología y Paleontología
En el taller de restauración de arqueología y paleontología se interviene principalmente en los objetos hallados en las excavaciones en el Territorio Histórico de Gipuzkoa. Se tratan materiales de distinta composición y estado de conservación. Indistintamente, se realizan tratamientos a objetos de procedencia orgánica (madera, cuero, tela o hueso) o de composición inorgánica (hierro, aleaciones de cobre, cerámica, piedra, etc.).
Dispone de varios espacios de trabajo para poder manejar con comodidad objetos de distinta índole y dimensiones. Por un lado el taller principal dedicado a las piezas paleo-arqueológicas de pequeño a medio tamaño, por otro, un local que está dotado de varias cubetas de distinta capacidad donde se realizan la desalinización y limpieza de objetos de envergadura media a grande recuperados en yacimientos submarinos.
Posee la infraestructura para el tratamiento de consolidación, secado por liofilización y conservación de objetos orgánicos empapados de agua. Así mismo realiza la limpieza por electrolisis a piezas metálicas de tamaño medio a grande.